Frangakis Group

Job Positions

 

PhD / PostDoc Positions in Image Processing 

 

The cryo-electron tomography group of Prof. Frangakis at the Frankfurt Institute for Molecular Life Science within the Cluster of Excellence is seeking an enthusiastic, highly motivated individual with a degree in computational sciences, mathematics, physics or related fields to occupy a PhD or a PostDoc position. The PhD /Post-Doc positions are funded by the European Research Council. 

 

The aim of the project is to develop novel image processing tools in order to perform three-dimensional reconstructions, pattern recognition and image classification tasks on cryo-electron tomograms. The group is interdisciplinary composed of biologists, physicists, and computational scientists who use cryo-electron tomography to generate tomograms, which visualize cells at molecular resolution. The tomograms are complex three-dimensional images, where the information has to be extracted by computational means. The laboratory has a long history of algorithmic development for electron tomography, which includes denoising, segmentation and pattern recognition algorithms such as those used in medical image processing. The group has access to a high performance computing cluster with app. 5000 CPU nodes and 1000 GPU nodes, as well as specialized 3D graphic workstations. Experimental data are recorded on a high-end FEI Titan Krios electron microscope. 

 

The successful applicant should be interested in the development and implementation of image processing and visualization algorithms for three-dimensional biological data sets. Programming experience in MATLAB and/or C/C++ is necessary. Experts in statistics and harmonic analysis are particularly encouraged to apply. Previous experience in biology or medicine is not necessary, however certain interest in imaging and the willingness to get acquainted with particular biological systems is advantageous. 

 

Interested candidates should send an application including a CV, areas of expertise and interests, publications list, and names and contact information for references to Prof. Achilleas Frangakis (email: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.)

 

 

 

Zwei Masterarbeiten 

In der Arbeitsgruppe Frangakis am BMLS (Campus Riedberg) haben wir aktuell zwei Masterarbeiten zu vergeben. Es besteht die Möglichkeit während der Masterarbeit zusätzlich als wissenschaftliche Hilfskraft bei uns beschäftigt zu werden, um eng verwandte Fragestellungen zu bearbeiten und finanziell unterstützt zu werden. Wir sind eine interdisziplinäre Gruppe von Biologen, Informatikern und Physikern, die (Kryo-) Transmissionselektronenmikroskopie benutzt, um Zellen und kleine Organismen mit molekularer Auflösung abzubilden. Unsere Tomogramme sind komplexe dreidimensionale Bilder aus denen die Informationen computergestützt gewonnen werden. Aktuell beschäftigen wir uns insbesondere mit der hochauflösenden Darstellung von Zell-Zell-Kontakten (primäre Gewebekulturzellen und Leberproben). Ebenfalls betreiben wir klassische, biologische Raumtemperaturelektronenmikroskopie, wobei der Erhalt der Ultrastruktur durch Hochdruckgefrieren unterstützt wird. Dieses Verfahren benutzen wir insbesondere zur Abbildung größerer Volumina wie ganzer Modellorganismen (C. elegans oder Drosophilaembryos) oder Gewebe (aktuell: Darstellung der Blut-Hirn Schranke in Mäusehirnen, Analyse der Filtration durch die Schlitzmembran der Niere) mittels Rasterelektronenmikroskopie (FIB-SEM). Vorerfahrungen in der Elektronenmikroskopie sind nicht notwendig, ein generelles Interesse an bildgebenden Verfahren ist jedoch essentiell. Bei Interesse und für weitere Informationen senden Sie uns bitte eine Email an: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.